Уже больше года в Германии действуют два маршрута поездов FlixTrain: Штутгарт-Берлин и Кельн-Гамбург; они пользуются большой популярностью у путешественников. Новый маршрут из Кёльна в Берлин проходит через Дюссельдорф, Дуйсбург, Эссен, Дортмунд, Билефельд, Ганновер и Вольфсбург, время в пути составляет 5 часов 37 минут. При раннем бронировании билет на FlixTrain можно купить уже за 10 евро.
На данный момент FlixTrain является единственным конкурентом Deutsche Bahn в дальнем железнодорожном сообщении, любители путешествий по железной дороге надеются на снижение цен на услуги Deutsche Bahn благодаря конкуренции.
Дальнейшие планы развития маршрутной сети FlixTrain в Германии пока неизвестны, однако, компания рассматривает возможность запустить маршруты из Германии в Швецию.